Sebuah ancaman bom menimpa pada Pesawat Lion Air Boeing 737 dengan nomor penerbangan JT 568 tujuan Jakarta-Yogyakarta-Denpasar di Bandara Adisutjipto, Yogyakarta. Penelpon gelap menghubungi operator Lion Air di Yogyakarta sebanyak dua kali pada 17.20 WIB dan 17.31 WIB. Dalam percapakan tersebut, penelpon gelap mengatakan bahwa ada bahan peledak yang berada ditas dalam pesawat Lion Air.

Seluruh bandara yang dalam pengelolaan PT Angkasa Pura II (Persero) akan menerapkan pola penyatuan pembayaran tarif Pelayanan Jasa Penumpang Pesawat Udara (PJP2U) ke dalam tiket (Passenger Service Charge/PSC on Ticket), mulai 1 Oktober 2012. Sebagai langkah awal, kebijakan ini terbatas hanya kepada pelanggan rute domestik maskapai Garuda Indonesia. Penerapan untuk rute internasional maupun pada maskapai selain Garuda akan dilakukan kemudian, menyusul kesiapan maskapai masing-masing.

Penerbangan kloter pertama (Kloter BTH-01) jamaah haji embarkasi Batam mengalami keterlambatan, karena terjadinya pengalihan rute terbang. Penerbangan semula direncanakan oleh pihak Saudi Airlines akan melintasi India, namun karena saat ini India sedang uji coba rudal dan dengan pertimbangan keamanan, maka mereka mengalihkan rute melintasi Singapura.